設定次第でロム構成・手順・問題の原因追及方法が変わってくるので私が使っている設定を記述します。
各種設定
各種設定は「ファイル」→「各種設定」で入れます。
一般タブ
アーカイブディレクトリ
（デフォルト）ロムディレクトリから削除されたロムがこのディレクトリに移動します。
作業フォルダ
（デフォルト）このディレクトリは作業フォルダとして利用されています。
ZIP圧縮レベル
（デフォルト）デフォルトではレベル最大だけれども容量削減に大きな効果がないので最小にしてあります。
ロムセットタブ
ロム構造
容量削減のためSplit・分離を選択
パラメータ（引数）
PCでエミュレータを使用したい場合のみに使います。
修正タブ
パラメータの修正
ゲーム修正時に何をするかを選択します。
セット名の変更
ファイルを解析して、ディレクトリ、およびZIP内のゲーム名などを正しく修正します。
使わないロムを削除
ゲームから不要なロムやファイルを削除します。セット内のファイルのみに含まれます（zipまたはフォルダ）
ロム名の変更
ゲームに期待されるロム名に変更
不足ロムを検索
利用可能なとき、他のゲームから不足ロムをインポート
使わないファイルを削除
不明なセット（ファイル、Zip、フォルダ）を削除します。不明なファイルとは既知ロムが１つも含まないものです。
ダミーロムの作成
状態の悪いロムを入れ替えるためにファイルを作成
